1944年，厦大学生欢送萨本栋到美国讲学。语言学家周辨明上台指挥师生唱自己写的歌曲，他们唱道：淑慎（萨的妻子），请一定把他带回来！
一年之后，重病缠身的萨本栋卸任厦大校长。他最终回来了——又过了四年，他的骨灰被带回了他尽了“十二分力”的厦大校园里。人们得出的结论是：他是为厦大累死的。
用九大卡车把厦大搬到长汀
1937年，被任命为国立厦大第一任校长的萨本栋到达厦大，第二天，“七七事变”就爆发了。这位原本在清华当教授的闽侯人发现自己马上面临迁校的难题。萨本栋决定把学校搬到长汀，为什么不像其他大学迁移到西南大后方而选择接近战区的长汀？1941年考入厦大的厦大教授潘懋元回忆，萨本栋曾说原因之一是要坚持东南半壁江山有大学，显示坚强不屈的精神，另一方面也让东南数省学生有书读。
在北京的萨本栋的外甥为了在地图上找到这个小山城，找了好几张地图。萨本栋最终制定周密计划，用了九大卡车，将厦大的仪器、图书较为完整地迁往400公里之外的长汀。
拆了自己的汽车为学校发电
考验接踵而至。厦大当时得到的经费，在所有的国立大学中，只比山西大学多，排名倒数第二。这迫使萨本栋像位勤劳的主妇，精心计算着每一分钱的支出，学校自己制作豆腐，提倡吃糙米饭，甚至将茅厕对外承包以增加收入。在学校入不敷出的时候，萨本栋带头只拿35%的工资。学校为萨本栋买了辆轿车，但是，令人吃惊的是，他把汽车拆了，把引擎改装成发电机，用于学校的照明。
除了借庙宇，租民房，萨本栋还自己设计，就地取材建新屋，例如，以树皮代替屋瓦，建造各类的房屋，甚至还修了一座水库。厦大逐步扩大校园，最后，几乎占据半个长汀城。
要求名师给新生讲授基础课
萨本栋的妻子曾经说，丈夫是“以他在清华的标准来办厦大和教课的”，他努力把清华的一些好的传统，移植到厦大。萨本栋坚持了清华的一贯做法：聘请学有专长的人任教，长汀时期的厦大的51名教授中，有47位来自清华。动员这些大名鼎鼎的教授到长汀去，难度可想而知，萨本栋花费了不少脑筋，例如，他宁可自己住在普通的宿舍里，而把租来的饭店和新盖的楼房让给教授们住。
萨本栋要求名师上大一基础课，他认为，初入学的学生，首先要学好基础课，学好了基础课才能学好专业课。当年就读厦大的学生、中科院院士张存浩说，基础课的讲授阵容不仅为当时国内所仅有，在60多年后的今天也是很难找到的。
萨本栋也亲自教授一年级工科学生微积分和普通物理。他一直认为，从事教育的人不能在学问上获得学生的信任，所有的话都是白费。
萨本栋本身也是著名学者，他率先把并矢方法运用到电机工程，被国际上认为是开拓了电机工程的一个新研究领域。他在1933年和1935年出版的《普通物理学》和《普通物理学实验》，是中国第一部用汉语出版的大学物理教材。他编写的教材，后来被加州大学等美国一些著名大学使用。
提前为抗战胜利准备人才
萨本栋主张，要进行学术研究，除了专业知识，还必须有广泛的基础知识，当时厦大规定，国文、英文、高数以及一门社会学是学生必修课。国文和英文不及格，就不能毕业。萨本栋说：“假使一位大学毕业生连中英文都不通顺，要他何用？”萨本栋则更强调应用科学对国家的重要。他倾注了很多精力办起土木、机电、航空系。
潘懋元说，1941年他入学时，萨校长就在大会上说，抗战必胜是毫无疑问的，所以，从现在开始，我们就要准备建设人才。
长汀时期的厦大的工科毕业生总数达400多人，20世纪60年代，几乎台湾水电、钢铁、造船部门主管，都是厦大毕业的。
让厦大赢得“南方清华”称号
在学生的回忆中，校长不苟言笑，但亲切待人。当时，厦大处于敌机轰炸的危险中，萨本栋设计相互连通的防空洞，每当轰炸到来时，他立刻奔向教室，组织疏散。他最后一个进入防空洞，却第一个走出防空洞。抗战期间，长汀山城被炸毁大片居民房，死伤甚多，但厦大由于周密细致的安排竟无一死亡。
萨本栋坚决拒绝国民党特务进入学校抓人，他提出的理由是：家长把孩子交给我，我就要为他们负责。
经过萨本栋的苦心经营，两次全国大学生学业竞试，厦大均得第一。当时国人南望，无不认为厦大为理想中惟一完善大学——厦大实验条件并不比战前差，甚至拥有一座具备模、铸、锻、机、钳和动力等各个工段的实习厂，图书馆里有从英、美、法、德订购的最新出版的主要图书刊物。不时有外国友人参观，“加尔各答以东最完善的学校”，就是美国地质地理专家葛德石的观后感。在民间，厦大有“南方清华”之称。
重病缠身仍穿着铁衫上课
然而，这一辉煌却是以萨本栋的健康为代价的。他的学生们说，1929年冰心结婚时，萨校长是男傧相，从照片上足以见其潇洒风貌。
到厦大之前，萨本栋是清华的网球高手，体格强壮，腰杆挺拔，但到了1943年，朋友再见到他时，他已经是“面色苍白，弯腰驼背，拄着拐杖”。他患上严重的胃病和关节炎，他为厦大耗尽精力。人们回忆说，那时，校医甚至做了一件铁衫，助他撑腰上课。
尽管如此，他也不愿意学生拉下功课，当他病得卧床不起时，他让学生到他的床前听讲，病痛使得他写的字变得歪歪斜斜。
1949年，萨本栋因患胃癌病逝于美国，时年47岁。根据他的遗嘱，他的遗体解剖供医学研究。医生们发现，他的胃都是癌细胞，医生说，这病，完全给耽误了。
