因为支持学生爱国运动，林语堂遭到北洋军阀的通缉，他避难到一位叫林可胜的医生的家里，而这位医生就是林文庆的儿子。于是,林语堂便派林可胜做说客,游说林语堂到厦大任文科主任,着手组建国学院。
恰好林语堂也觉得是时候离开北京了。北京的形势太坏，他写的文章也没有报纸敢发，军人打扮的人还时不时地在家门口溜达一圈，说是保护，其实就是监视。这些机缘促成林语堂接受了林文庆的聘请。
厦大成了第二个北大
国学院成立的另一个契机是陈嘉庚强大的经济实力作支撑。林文庆当时允诺每年给国学院一万大洋，为知名教授开出的薪资高达 400银元一月，而且决不拖欠。而在北京，教授们的工资经常被政府扣作他用，几个月不发是常有的事。
借助陈嘉庚的经济实力和自己的人脉，林语堂大规模招兵买马，他甚至把北大国学门主任沈兼士挖来了。厦大国学院最终聚集的人物包括文学家鲁迅，国学家沈兼士，古史专家顾颉刚、哲学家张颐、中西交通史家张星烺、考古学家陈万里、编辑家孙伏园、史国禄、法国汉学家戴密微，个个在当时均非泛泛之辈，“一时颇有北大南迁的景象”，另一种比较直白的说法是：厦大成了第二个北大。当时,林语堂胸襟宽阔，只要是有利于厦大文科发展的，他都网罗进来。
国学院招收厦大首批研究生
杨国桢说，事实上，厦大国学院从 1925 年12月就开始筹备，1926年 6月人员陆续到齐，10 月10日不过是补办个仪式而已，国学院最终由校长林文庆任院长，语言学家林语堂任总秘书，语言学家沈兼士任研究主任。
从整体上看，厦大国学院采用以北大研究所国学门为样本，并确立两项重要职能，一是整理国故，二是养成国学之专门人才，在研究方法上，也继承北大研究所国学门的传统，提倡用科学方法对国学进行研究。
当时厦大国学院确定的理念是：“研究古学必得地质学、人类学、考古学、古生物学等作为参考”，也就是实行跨学科研究；同时，还提出研究工作不能只钻在故纸堆里，就文本研究文本，而必须了解现代社会，这种理念在当时是非常先进的，也使厦大处于国学研究的前沿。
值得一提的是，厦大国学院还招收了两名研究生，这被认为是厦大的首批研究生。
国学院“存活”的时间仅半年
不过，在厦大国学院开办不久，陈嘉庚所办企业便遭受挫折，再加上复杂的人事关系，国学院实际只存在半年。杨国桢认为，厦大国学院丧失引领国学研究潮流的机会，留下深深的遗憾，但它从筹办到开办的实践，在现代中国学术传承上仍然占有不可忽视的一席地位。厦大国学院一项没有争议的成果是它开创了闽南文化和泉州学等独特的研究领域。
学界的评论是：与同时期的新国学各研究机构相比，存在时间不长的bat365在线平台国学院的学术成就固然赶不上北大和清华，却不逊色于齐鲁、燕京的国学研究所和东南大学国学院，在学术发展史上的地位甚至更为重要。
